Το Υδατικό Διαμέρισμα Κρήτης (EL13), είναι το νοτιότερο Υδατικό Διαμέρισμα της χώρας και αποτελείται από την ομώνυμη μεγαλόνησο μαζί με τα μικρά νησιά που βρίσκονται γύρω από αυτήν, με κυριότερα τη Γαύδο και το Δία. Η έκταση του είναι 8 345 km².  Το ανάγλυφο του νησιού είναι έντονο με μεγάλους ορεινούς όγκους. Τα κυριότερα ορεινά συγκροτήματα είναι τα Λευκά Όρη ή Μαδάρες, ο Ψηλορείτης ή Ίδη, ο Κουλού<κωνας, τα Αστερουσια, η Δίκτη  και τα Λασιθιώτικα Όρη ή  Όρη της Σητείας . Εντός των μεγάλων ορεινών όγκων υπάρχουν σημαντικά οροπέδια όπως του Ομαλού και της Ασκυφού στα Λευκά Όρη και το Οροπέδιο Λασιθίου στη Δίκτη. Στους πρόποδες των ορεινών όγκων αναπτύσσονται τα πιο εύφορα πεδινά τμήματα όπως η εκτεταμένη πεδιάδα από την περιοχή του Καστελίου Κισσάμου μέχρι την περιοχή της Άξου, η κοιλάδα της Μεσσαράς, και η Κοιλάδα Ηρακλείου - Μαλλίων, η πεδιάδα της Ιεράπετρας και η πεδιάδα του Αγ. Νικολάου.

Ο τύπος κλίματος της Κρήτης, είναι ένας μεταβατικός ενδιάμεσος τύπος μεταξύ του χερσαίου Μεσογειακού και του ερημοειδούς Μεσογειακού, στο οποίο υπάγεται κυρίως η νοτιοανατολική Κρήτη. H πεδινή ζώνη της χαρακτηρίζεται από μικρό ύψος βροχοπτώσεων, ήπιο χειμώνα και ξηρή περίοδο μεγάλης διάρκειας. Η ορεινή ζώνη της Κρήτης εμφανίζει μεγαλύτερες θερμοκρασιακές αποκλίσεις, μέση ετήσια θερμοκρασία 2-3οC χαμηλότερη από την πεδινή ζώνη. Το κλίμα των ορεινών περιοχών είναι υγρό κατά τη διάρκεια του χειμώνα και σχετικά ξηρό κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού. Το μέσο ετήσιο ύψος των ατμοσφαιρικών κατακρημνισμάτων φτάνει τα 900mm, με μία χαρακτηριστική αύξηση κατά την περίοδο μεταξύ Νοεμβρίου ‐ Φεβρουαρίου. Το καλοκαίρι, το κλίμα είναι ξηρό, με το ύψος των βροχοπτώσεων να μην ξεπερνά τα 20‐40mm μηνιαίως. Η μέση ετήσια βροχόπτωση παρουσιάζει αύξηση από τα ανατολικά προς τα δυτικά και από νότια προς βόρεια.  Η μέση ετήσια βροχόπτωση είναι στην ανατολική Κρήτη κατά 22% μικρότερη σε σχέση με τη Δυτική.

Το Υδατικό Διαμέρισμα Κρήτης αποτελείται από τρείς (3) Λεκάνες Απορροής Ποταμών (ΛΑΠ) αυτές των Ρεμάτων Βορείου Τμήματος Χανίων – Ρεθύμνου - Ηρακλείου (EL39), των Ρεμάτων Νοτίου Τμήματος Χανίων – Ρεθύμνου - Ηρακλείου (EL40) και των  Ρεμάτων Ανατολικής Κρήτης (EL41).

Η έκταση της ΛΑΠ Ρεμάτων Βορείου Τμήματος Χανίων – Ρεθύμνου - Ηρακλείου είναι  3676 km² . Η εν λόγω ΛΑΠ καταλαμβάνει το μεγαλύτερο μέρους του βόρειου τμήματος του νησιού. Περιλαμβάνει εκτάσεις των νομών Χανίων, Ρεθύμνου, Ηρακλείου και Λασιθίου. Οριοθετείται κατά τον άξονα Δύση-Ανατολή από τις κορυφογραμμές των Λευκών Όρεων και του Ψηλορείτη ενώ περιλαμβάνει και το οροπέδιο Λασιθίου στο ανατολικότερο της τμήμα.

Η έκταση της ΛΑΠ Ρεμάτων Νοτίου Τμήματος Χανίων – Ρεθύμνου - Ηρακλείου είναι 2 798 km². Η εν λόγω ΛΑΠ καταλαμβάνει το μεγαλύτερο μέρους του νότιου τμήματος του νησιού. Περιλαμβάνει εκτάσεις των Περιφερειακών Ενοτήτων Χανίων, Ρεθύμνου, Ηρακλείου και μικρό τμήμα της Περιφερειακής Ενότητας Λασιθίου. Οριοθετείται από τις κορυφογραμμές των Λευκών Όρεων, του Ψηλορείτη και της Δίκτης. Οι δυτικές ακτές της περιοχής προς τον νότο είναι απόκρημνες με μεγάλες κλίσεις και φαράγγια. Στα ανατολικά περιλαμβάνεται η πεδιάδα της Μεσσαράς Ηρακλείου. Επίσης περιλαμβάνεται το οροπέδιο Ομαλού Χανίων..

Η έκταση της ΛΑΠ του ποταμού Ευρώτα είναι 1870  km². Η εν λόγω ΛΑΠ καταλαμβάνει το ανατολικό τμήμα του νησιού. Περιλαμβάνει το μεγαλύτερο ποσοστό της Π.Ε. Λασιθίου. Οριοθετείται από τις κορυφογραμμές του όρους Δίκτη.

Οι κύριοι ποταμοί του ΥΔ Κρήτης είναι οι π. Γερωπόταμος, Αναποδάρης, Γιόφυρος Ταυρωνίτης, Καλαμαυκιανός, Μπραμιανός, Αποσελέμης.

Ο π. Γερωπόταμος είναι ο μεγαλύτερος ποταμός του Υδατικού Διαμερίσματος Κρήτης. Έχει μήκος 45.6 km και η λεκάνη απορροής του έχει έκταση 592.9 km². Σημαντικά συμβάλλοντα ρέματα είναι το ρ. Μάγειρος, το ρ. Κουτσουλίδης (στο οποίο έχει κατασκευαστεί το φράγμα και η τεχνητη λίμνη Φανερωμένης), το ρ. Τουρκί, το ρ. Γριά Σαΐτα, το ρ. Καταρτού, το ρ. Ληθαίος και το ρ. Σταλιανός. Ο Γερω-Πόταμος πηγάζει από τα  Αστερούσια Όρη στα νότια του νησιού και διασχίζει την μεγάλη πεδιάδα της Μεσσαράς.  Και εκβάλει στον όρμο της Μεσσαράς.