Σύμφωνα με την Κ.Υ.Α. H.Π. 31822/1542/Ε103/2010 (ΦΕΚ 1108 Β΄/2010) όπως τροποποιήθηκε και ισχύει με την ΚΥΑ 177772/924/2017 (ΦΕΚ 2140 Β΄/2017), την «Νέα Αρχιτεκτονική της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης – Πρόγραμμα Καλλικράτης» (ν. 3852/2010) και τον ν.3199/2003 (ΦΕΚ 280 Α΄/2003) όπως τροποποιήθηκε και ισχύει, μεταξύ άλλων, με το άρθρο 29 του ν. 4519/2018 (ΦΕΚ 25 Α΄/2018), οι αρμόδιες αρχές για την αξιολόγηση και THδιαχείριση των κινδύνων πλημμύρας, έχουν ως ακολούθως:
α. Σε εθνικό επίπεδο οι αρμόδιες αρχές είναι: η Εθνική Επιτροπή Υδάτων, το Εθνικό Συμβούλιο Υδάτων και η Ειδική Γραμματεία Υδάτων.
Η Ειδική Γραμματεία Υδάτων έχει την αρμοδιότητα κατάρτισης των προγραμμάτων προστασίας και διαχείρισης των υδατικών πόρων της χώρας και του συντονισμού των υπηρεσιών και κρατικών φορέων για κάθε ζήτημα που αφορά στην προστασία και διαχείριση των υδάτων συμπεριλαμβανομένου και του κινδύνου των πλημμυρών.
β. Σε περιφερειακό επίπεδο οι αρμόδιες αρχές είναι: το Συμβούλιο Υδάτων Αποκεντρωμένης Διοίκησης και οι Διευθύνσεις Υδάτων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης.
Οι Διευθύνσεις Υδάτων των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων διενεργούν την Προκαταρκτική Αξιολόγηση των Κινδύνων Πλημμύρας, καταρτίζουν τους Χάρτες Επικινδυνότητας Πλημμύρας, τους Χάρτες Κινδύνων Πλημμύρας και τα Σχέδια Διαχείρισης των Κινδύνων Πλημμύρας.
Στην πρώτο κύκλο εφαρμογής της Οδηγίας, η Προκαταρκτική Αξιολόγηση Κινδύνων Πλημμύρας, οι Χάρτες Επικινδυνότητας Πλημμύρας, οι Χάρτες Κινδύνων Πλημμύρας και τα Σχέδια Διαχείρισης Κινδύνων Πλημμύρας για όλα τα Υδατικά Διαμερίσματα της Χώρας καταρτίζονται ύστερα από αίτημα των Συντονιστών των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων από την Ειδική Γραμματεία Υδάτων, σύμφωνα με το άρθρο 3(2.2) της ΚΥΑ Η.Π. 31822/1542/Ε103/2010, όπως τροποποιήθηκε και ισχύει.